מרתף השואה נמצא בהר ציון ליד קבר דוד המלך ע"ה. למרתף זה הובא אפר הקדושים מהמשרפות שהקימו הנאצים הארורים כדי לשרוף בהם את גוויות היהודים המומתים, וגם סבון שעשו הגרמנים מגופות היהודים וכתוב עליהם רי"פ ראשי תיבות של המילים: ריין יודען פעט (שומן יהודי טהור), טליתות מגואלות בדם, ספרי תורה קרועים שהשתמשו בהם הרשעים בשימושים בזויים.
במרתף זה מתיחדים שרידי השואה עם זכר משפחתם שנהרגו על קידוש השם בשנות השואה.
